wiki:MolgenisServers

MOLGENIS cloud infrastructure

Introduction

We work with a Virtual Machine cloud. See MolgenisServersFaq.

List of servers

  • Most Virtual Machines are located in the gcc.rug.nl domain. For some there are more beautiful DNS entries...
  • Apache runs on port 80 and 443
  • Molgenis runs on port 8080 (either via Tomcat or standalone)
  • SSH acces via port 22 only from within certain UMCG/RUG subnets
  • MySQL access only on localhost
  • Servers are automatically updated daily at 4am
  • Backups are running daily at 3am
  • Test/Acceptance/Production servers are automatically rebooted weekly on Monday 06:30/11:00/16:00
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis01 public https://molgenis01.gcc.rug.nl/
https://molgenis01.target.rug.nl/ (deprecated)
Molgenis Integration server Dennis production
molgenis02 public https://molgenis02.gcc.rug.nl BBMRI-ERIC Directory - Negotiator Demo Mark / Fleur acceptance
molgenis03 public http://www.deb-central.org/
https://molgenis03.gcc.rug.nl/
https://molgenis03.target.rug.nl/ (deprecated)
COL7A1 Bart / Joeri production
molgenis04 public http://www.molgenis.org/decon2
https://molgenis04.gcc.rug.nl/
https://molgenis04.target.rug.nl/ (deprecated)
Decon2 Fleur production
molgenis05 private https://www.molgenis.org/vkgl
https://molgenis05.gcc.rug.nl/
https://molgenis05.target.rug.nl/ (deprecated)
VKGL Demo Bart / Dennis production
molgenis06 private https://molgenis06.gcc.rug.nl/
https://molgenis06.target.rug.nl/ (deprecated)
GAF list importer Roan / Gerben / Marieke Acceptance
molgenis07 public https://molgenis07.gcc.rug.nl/
https://molgenis07.target.rug.nl/ (deprecated)
ARVC Vd Zwaag Bart acceptance
molgenis08 private https://molgenis08.gcc.rug.nl/
https://molgenis08.target.rug.nl/ (deprecated)
Chromosome6 RC6-tool Mark / Mariska production
molgenis09 public http://molgenis.org/demo
https://molgenis09.gcc.rug.nl/
https://molgenis09.target.rug.nl/ (deprecated)
Molgenis Demo server Mark Production
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis10 private https://molgenis10.gcc.rug.nl/
https://molgenis10.target.rug.nl/ (deprecated)
RD-Connect Sample Catalogue David / Mark / Marieke Production
molgenis11 public http://www.systemsgenetics.nl
http://molgenis11.gcc.rug.nl/
http://molgenis11.target.rug.nl (deprecated)
WordPress Pieter production
molgenis12 public https://molgenis12.gcc.rug.nl/
http://molgenis12.target.rug.nl/ (deprecated)
lncRNA Explorer Eric demo
molgenis13 - https://molgenis13.gcc.rug.nl/
https://molgenis13.target.rug.nl/ (deprecated)
Glia Open Access Database (GOAD) Dennis acceptance
molgenis14 public
https://molgenis14.gcc.rug.nl/
IBD Marieke / Mariska Acceptance
molgenis15 public http://www.nlgenome.nl/search/ GoNL DB Joeri production
molgenis15 public http://molgenis15.gcc.rug.nl/
http://molgenis15.target.rug.nl/ (deprecated)
Can be recycled - -
molgenis16 public http://molgenis16.gcc.rug.nl/
https://molgenis16.gcc.rug.nl/
http://molgenis16.target.rug.nl/ (deprecated)
https://molgenis16.target.rug.nl/ (deprecated)
Palga Acceptance David Acceptance
molgenis17 public http://www.molgenis.org/connect
https://molgenis17.gcc.rug.nl/
https://molgenis17.target.rug.nl/
molgenis-connect server Chao Production
molgenis18 public https://catalogue.lifelines.nl/
https://molgenis18.gcc.rug.nl/
https://molgenis18.target.rug.nl/ (deprecated)
LifeLines Dennis production
molgenis19 public http://www.molgenis.org/sorta
https://molgenis19.gcc.rug.nl/
https://molgenis19.target.rug.nl/ (deprecated)
SORTA Chao Production
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis20 public http://molgenis20.gcc.rug.nl/
http://molgenis20.target.rug.nl (deprecated)
GAVIN Joeri Fleur Bart production
molgenis21 - https://molgenis21.gcc.rug.nl/
https://molgenis21.target.rug.nl/ (deprecated)
Production BBMRI eric Mariska Production
molgenis22 public http://www.molgenis.org/humanpathwaydb/
http://molgenis22.gcc.rug.nl:8080/humanpathwaydb/
http://molgenis22.target.rug.nl:8080/humanpathwaydb/ (deprecated)
Human Pathway DBs Miranda production
molgenis23 public http://molgenis23.gcc.rug.nl/ SORTA RD/connect Chao / David production
molgenis24 public http://molgenis24.gcc.rug.nl/
http://molgenis24.target.rug.nl/ (deprecated)
BiobankConnect Chao production
molgenis25 public www.mvid-central.org
http://molgenis25.gcc.rug.nl/
http://molgenis25.target.rug.nl/ (deprecated)
MVID Joeri / Pieter production
molgenis26 private https://molgenis26.gcc.rug.nl/downloads/
https://molgenis26.target.rug.nl/downloads/ (deprecated)
Static data release downloads Morris / Joeri production
molgenis27 public http://molgenis27.gcc.rug.nl/
http://molgenis27.target.rug.nl/
Gene Network Juha & Patrick Production
molgenis28 public www.voedingsdagboek.nl
http://molgenis28.target.rug.nl/celiacresearch/
Voedingsdagboek et al. / Celiac Research Martijn production
molgenis29 public www.c2cards.nl
www.molgenis.org/c2cards/
http://molgenis29.target.rug.nl/c2cards/
C2Cards Human Miranda production
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis30 private http://molgenis30.gcc.rug.nl/
http://molgenis30.target.rug.nl/ (deprecated)
500FG Fleur acceptance
molgenis31 public https://molgenis31.gcc.rug.nl/
https://molgenis31.target.rug.nl/ (deprecated)
Selenium test Mark test
molgenis32 private https://uribd.bbmri.nl/
http://molgenis32.gcc.rug.nl/
http://molgenis32.target.rug.nl/ (deprecated)
IBD (cleaned up data storage) Marieke production
molgenis33 public http://molgenis33.gcc.rug.nl/
http://molgenis33.target.rug.nl/ (deprecated)
CHD7 Acceptance Bart/Marieke? Acceptance
molgenis34 private http://molgenis34.gcc.rug.nl:8443/opal/
http://molgenis34.target.rug.nl:8443/opal/ (deprecated)
Opal Chao production
molgenis35 public https://molgenis35.gcc.rug.nl/
https://molgenis35.target.rug.nl/ (deprecated)
5.0 backup test - -
molgenis36 private https://molgenis36.gcc.rug.nl/
https://molgenis36.target.rug.nl/ (deprecated)
LifeLines acceptance Dennis acceptance
molgenis37 public http://molgenis37.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis37.target.rug.nl:8080/xqtl_panacea/ (deprecated)
WormQTL-HD Joeri production
molgenis38 public http://molgenis38.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis38.gcc.rug.nl:8888
WormQTL beta/mirror and SAILS app Joeri test and production
molgenis39 public https://molgenis39.gcc.rug.nl/
https://molgenis39.target.rug.nl/ (deprecated)
RNA seq analysis Freerk / Niek / Mark / Fleur test
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis40 - https://molgenis40.gcc.rug.nl/
https://molgenis40.target.rug.nl/ (deprecated)
IBD (cleaned up data storage) with 8GB RAM
molgenis41 public https://molgenis41.gcc.rug.nl/
https://molgenis41.target.rug.nl/ (deprecated)
ARVC/D Bart production
molgenis42 public http://molgenis42.gcc.rug.nl/
http://molgenis42.target.rug.nl/
COL7A1 Bart / Marieke Acceptance
molgenis43 public http://molgenis43.gcc.rug.nl/ Gavin Bart / Fleur / Joeri acceptation
molgenis44 private http://molgenis44.gcc.rug.nl/
http://molgenis44.target.rug.nl/ (deprecated)
TIFN production Dennis production
molgenis45 private https://molgenis45.gcc.rug.nl/
https://molgenis45.target.rug.nl/ (deprecated)
GIDS Dennis production
molgenis46 public https://hfgp.bbmri.nl/
http://molgenis46.gcc.rug.nl/
http://molgenis46.target.rug.nl/ (deprecated)
Public HFGP server Mark Production
molgenis47 private http://molgenis47.gcc.rug.nl/
http://molgenis47.target.rug.nl/ (deprecated)
Genetics catalogue Marieke Production
molgenis48 private? http://molgenis48.gcc.rug.nl/
http://molgenis48.target.rug.nl/ (deprecated)
Diagnostic Platform for Clinical Genomics Joeri Acceptance
molgenis49 public https://molgenis49.gcc.rug.nl/
https://molgenis49.target.rug.nl/ (deprecated)
test BBMRI-NL catalogue promise integration Dennis acceptance
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis50 public http://www.molgenis.org/jenkins/
http://molgenis50.gcc.rug.nl/jenkins/
http://molgenis50.target.rug.nl/jenkins/ (deprecated)
Jenkins Continuous Integration Server Dennis production
molgenis51 public http://www.chd7.org/
https://molgenis51.gcc.rug.nl/
https://molgenis51.target.rug.nl/ (deprecated)
CHD7 Bart Production
molgenis52 public https://molgenis52.gcc.rug.nl/
https://molgenis52.target.rug.nl (deprecated)
TMF / Deutsches Biobanken-Register Marieke, Mariska, David Acceptance
molgenis53 public https://aip.fipapatients.org/
https://molgenis53.gcc.rug.nl/
https://molgenis53.target.rug.nl/ (deprecated)
AIP Mutation server Bart Production
molgenis54 public https://molgenis54.gcc.rug.nl
https://molgenis54.target.rug.nl (deprecated)
GENIUS database Freerk / Joeri Test
molgenis55 private http://molgenis55.gcc.rug.nl/
http://molgenis55.target.rug.nl/ (deprecated)
pathologie Marieke Production
molgenis56 public http://molgenis.org/ase
https://molgenis56.gcc.rug.nl/
https://molgenis56.target.rug.nl/ (deprecated)
ASE Mark Production
molgenis57 private http://molgenis57.gcc.rug.nl/
http://molgenis57.target.rug.nl/ (deprecated)
5GPM Bart & Joeri Acceptance
molgenis58 public? http://molgenis58.gcc.rug.nl/
http://molgenis58.target.rug.nl/ (deprecated)
Gene Network Juha Karjalainen production
molgenis59 public? https://molgenis59.gcc.rug.nl/
https://molgenis59.target.rug.nl/ (deprecated)
Acceptance server for multiple projects Marieke Acceptance
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis60 public http://niptric.eu/
http://nipper-calculator.eu/ (deprecated)
http://ppvfornipt.eu/ (deprecated)
https://molgenis60.gcc.rug.nl/
https://molgenis60.target.rug.nl/ (deprecated)
NIPD Fleur production
molgenis61 - https://molgenis61.gcc.rug.nl/
https://molgenis61.target.rug.nl/ (deprecated)
IBD private production Mariska Production
molgenis62 public http://molgenis62.gcc.rug.nl/
http://molgenis62.target.rug.nl/ (deprecated)
Various:
1. Restore Backup's
2. Use as test server for release
Apps Team test
molgenis63 public http://molgenis63.gcc.rug.nl/
http://molgenis63.target.rug.nl/ (deprecated)
Diagnostics platform demo server Bart Demo
molgenis64 private https://molgenis64.gcc.rug.nl/
https://molgenis64.target.rug.nl/ (deprecated)
5GPM Bart & Joeri Production
molgenis65 - https://molgenis65.gcc.rug.nl/
https://molgenis65.target.rug.nl/ (deprecated)
Family tree project Marieke/ Sipko test
molgenis66 public http://molgenis66.gcc.rug.nl:8080/xqtl_panacea/
http://molgenis66.target.rug.nl:8080/xqtl_panacea/ (deprecated)
WormQTL Joeri Production
molgenis67 public http://molgenis67.gcc.rug.nl:8080/xqtl/
http://molgenis67.target.rug.nl:8080/xqtl/ (deprecated)
xQTL Joeri Production
molgenis68 public http://www.palgaopenbaredatabank.nl/
https://molgenis68.gcc.rug.nl/
https://molgenis68.target.rug.nl/ (deprecated)
PALGA David / Dennis production
molgenis69 private https://molgenis69.gcc.rug.nl/
https://molgenis69.target.rug.nl/ (deprecated)
Chromosome6 Mark Production
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis70 - https://molgenis70.gcc.rug.nl/ - - -
molgenis71 public https://molgenis71.gcc.rug.nl/
BiobankConnect Chao
molgenis72 public https://molgenis72.gcc.rug.nl/
BiobankConnect Chao
molgenis73 private? https://molgenis73.gcc.rug.nl/
Consentabase (Pulmonary dept.) Marieke Acceptance
molgenis74 private? https://molgenis74.gcc.rug.nl/
NKI Mariska Test
molgenis75 private https://molgenis75.gcc.rug.nl/
HUB Mariska Test
molgenis76 public https://cnvcatalogue.bbmri.nl/
https://molgenis76.gcc.rug.nl/
CNV catalogue Marieke/ Patrick Production
molgenis77 public https://molgenis77.gcc.rug.nl/
E-rare Mariska Production
molgenis78 public https://molgenis78.gcc.rug.nl/
BBMRI WP2 Mariska Test
molgenis79 private https://molgenis79.gcc.rug.nl/
IBD (raw data staging) Marieke Production
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis80 public https://molgenis80.gcc.rug.nl/
RD connect 3.0 acceptance Mariska Acceptance
molgenis81 - https://molgenis81.gcc.rug.nl/
Temporarily used for testing error messages Marieke Test
molgenis82 public https://molgenis82.gcc.rug.nl/
E-rare Mariska acceptance
molgenis83 public https://molgenis83.gcc.rug.nl/ BBMRI-ERIC Directory production Marieke Production
molgenis84 - https://molgenis84.gcc.rug.nl/
Molgenis apps demo server, docker Mariska, Connor -
molgenis85 - https://molgenis85.gcc.rug.nl/
VKGL with version history Bart Demo
molgenis86 - https://molgenis86.gcc.rug.nl/ BBMRI-ERIC Directory development Mariska Test
molgenis87 - https://molgenis87.gcc.rug.nl/
Sipko's test omgeving Marieke / Sipko -
molgenis88 - https://molgenis88.gcc.rug.nl/ LifeCycle? Marieke Acceptance
molgenis89 - https://molgenis89.gcc.rug.nl/
- - -
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
molgenis90 private https://molgenis90.gcc.rug.nl/
HSR production Marieke / Carin Production
molgenis91 private https://molgenis91.gcc.rug.nl/
HSR acceptance Marieke / Carin Acceptance
molgenis92 private https://molgenis92.gcc.rug.nl/
UMCG catalogue acceptance (on 4.1) Marieke / Carin Acceptance
molgenis93 public https://molgenis93.gcc.rug.nl/
TMF Mariska Acceptance
molgenis94 public https://molgenis94.gcc.rug.nl/
VKGL Mariska Acceptance
molgenis95 public https://molgenis95.gcc.rug.nl/
GoNL Mariska -
molgenis96 private https://molgenis96.gcc.rug.nl/
GAF list importer Roan / Gerben / Marieke Production
molgenis97 - https://molgenis97.gcc.rug.nl/
RD connect 4.1 acceptance -
molgenis98 private https://molgenis98.gcc.rug.nl/
UMCG catalogue production (on 4.1) Marieke / Carin Production
molgenis99 - https://molgenis99.gcc.rug.nl/
Ready for 5.1 - -
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
195.169.22.225 - http://molgenis100.gcc.rug.nl/ app contact T|A|P
195.169.22.226 public http://molgenis101.gcc.rug.nl/ BiobankConnect Chao test
195.169.22.227 public http://molgenis102.gcc.rug.nl/ Autobetes Martijn Production
195.169.22.228 public http://molgenis103.gcc.rug.nl/ VKGL acceptance Acceptance Mariska
195.169.22.229 private http://molgenis104.gcc.rug.nl/ NGS_DNA_Bootstrapping Analysis Team Test
195.169.22.230 public http://molgenis105.gcc.rug.nl/ VKGL molgenis test U Bram / Pieter test
195.169.22.231 public http://molgenis106.gcc.rug.nl/ NGS_Image Freerk / George Test
195.169.22.232 public http://molgenis107.gcc.rug.nl/ M3R Chao Test
195.169.22.233 public http://molgenis108.gcc.rug.nl/ Selenium test server Fleur Test
195.169.22.234 public http://molgenis109.gcc.rug.nl/ BBMRI-ERIC Directory 3.0 acceptance server David / Marieke Acceptatie
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
195.169.22.235 public http://molgenis110.gcc.rug.nl/ VKGL molgenis test G Bram / Pieter test
195.169.22.236 public http://molgenis111.gcc.rug.nl/ Diagnostics Portal (MOLGENIS+GeneNetwork) Joeri & Bart Test
195.169.22.237 - http://molgenis112.gcc.rug.nl/ app contact D|T|A|P
195.169.22.238 public http://molgenis113.gcc.rug.nl/ Autobetes Martijn Test
molgenis114 - https://molgenis114.gcc.rug.nl/
Reserved for BBMRI ERIC PoC app demo Biobankweek Mariska Acceptance
molgenis115 - https://molgenis115.gcc.rug.nl/
Cluster management Analysis team Test
molgenis116 - https://molgenis116.gcc.rug.nl/
Recycled, ready for 5.1 -
Server Access DNS Alias App Contact DTAP
129.125.60.107 private http://es-portal.service.rug.nl Energysense Mark Production
129.125.60.43 private http://es-test-portal.service.rug.nl Energysense Mark Acceptance
85.90.73.204 private https://proof-acc.bbmri.nl/
https://tma-acc.bbmri.nl/
PROOF / TMA Marieke Acceptance
129.125.60.104 NA lobby.hpc.rug.nl proxy Pieter Production
129.125.60.106 NA foyer.hpc.rug.nl proxy Pieter Production
195.169.22.250 NA leela.gcc.rug.nl HPC UI Pieter Testing
195.169.22.6 NA spacewalk01.gcc.rug.nl repos Pieter Production
172.23.40.236 NA umcg-scheduler03 HPC scheduler Pieter Acceptance
172.23.40.232 NA umcg-scheduler02 HPC scheduler Pieter Production
129.125.60.76 NA cc-ds.hpc.rug.nl HPC UI Pieter Acceptance
195.169.22.7 NA spacewalk02.gcc.rug.nl repos Pieter Production
Last modified 5 hours ago Last modified on 2017-09-25T08:30:01+02:00